第二卷为病理学，朱厚在书中对脑膜炎、中风，胃溃疡等常见病例的病状、病因、病理进行了较为科学的分析。特别是提出了鼠疫、肺结核、麻疹，天花等病均是由第一卷所言的病毒造成的，着重论述了致病的病毒是通过土壤、水和空气传播的，这也就是大疫形成的根本原因。

第三卷为各种发热病、流行病及疫病等病的病状，以及此书的关键—防疫。朱厚在总结了后世的防疫措施后，在书中提出了对大疫的预防和保健卫生措施，精细到建立公共厕所并按时清扫，严禁乱倒生活杂物等。

第四卷朱厚只拟定了一个“常见病症及良方录”的题目，而内容一片空白。众御医知道这是陛下留给他们，展现自己这段时间心血的地方，心中也感动不已，自己能在如此医道盛典上留下作品，足以流芳百世！

朱厚在书中主张对疾病的治疗方法，应采取养生、药物和手术三者兼施并用，养生和药物治疗在如今的大明已经颇具成效，而手术却无人敢做。无他，身体发肤受之父母啊！谁敢让人在自己身上动刀子，又有哪个医者敢给别人动刀子？

但朱厚仍旧选择将手术的相关操作步骤详细地记述在书中，至于世人会不会采纳他也不知道，他只求无愧于心！

同时他将后世大学课上自己最喜欢的人体解剖课知识洋洋洒洒地全部地写到了书中，顺便竭尽全力地认真画了一副较为清晰的人体解剖结构图，光是画这副图他都花了整整一天的时间！

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