这种指令的下达意味着朱由检在期间内有足够时间同文无忌商讨，随后以内行的眼光审阅方案的合理性、科学性。也让群臣主动参与。

想要唬住朱由检，没有任何可能。有文无忌、宋秦歌两位高参在把关。

孙承宗提交的军事改制方案全部通过；

而改制的核心便是对卫所制度的大刀阔斧。

第一、优化结构，裁汰冗员；

所有因为避税，拿响被世家门阀、官员通过贿赂打入军中的人员一律辞退；

第二、废除包括锦衣卫在内世袭制，改用为考核制，世袭官员可择优。顺天府、应天府、天津卫、济南府、福州等十四地先期开办陆军、水师学堂，所有世袭武官全部参与学习考核，学习范围涵盖朝堂现职将官，在职将官不参与考核。顺天府、应天府、福州、广州、天津卫等二十四地开班综合类学堂并和科举制度挂钩。但凡通过乡试，文士都需要逐级接受行省院学习；学习考核通过适才能参加会试。科举增加策问、政论内容。

第三、大规模新建各类兵仗局，招募工匠，工匠享受军士待遇，划分技能等级，等级挂钩饷银。

第四、兵部、五军都督府职能不变，增加海军院，五军参谋院，整合民间作坊，建立官办大型船只生产坊，鼓励民间作坊发展，在卫所制框架下设置行省指挥司兵制，对兵部直接负责，实际就是军区制。五军府扩建五军都督参谋院。增加军士、将官军饷，废除屯田制，所有卫所屯田由工部接收，田地造册，工部实施制定田地适用法。

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